Sus funciones son:

1. Ejercer la Secretaría Técnica de la Comisión Rectora.
2. Proponer a la Comisión Rectora la metodología de evaluación y seguimiento de los proyectos a financiarse con los Fondos de Desarrollo y Compensación Regional.
3. Verificar de manera directa o a través de terceros, que los proyectos susceptibles de ser financiados con recursos de los Fondos de Compensación Regional y de Desarrollo Regional, definidos por los Órganos Colegiados de Administración y Decisión (OCAD) de los mismos, cumplan con los requisitos establecidos por la Comisión Rectora para la aprobación de los proyectos por los OCAD.
4. Administrar el Sistema de Monitoreo, Seguimiento, Control y Evaluación  (SMSCE) del Sistema General de Regalías.
5. Calcular e informar al Ministerio de Hacienda y Crédito Público la distribución de los recursos del Sistema General de Regalías entre los fondos y los diferentes beneficlarios.
6. Administrar el banco de proyectos del Sistema General de Regalías.
7. Continuará ejerciendo las funciones de control y vigilancia, sobre los proyectos de inversión financiados con regalías directas y del Fondo Nacional de Regalías (FNR) antes del 31 de diciembre del 2011, se encargará de la liquidación del Fondo Nacional de Regalías y efectuará el cierre de actividades de la Interventorías Administrativas y Financieras (IAF).