Sus funciones son (Artículo 9 de la Ley 2056 de 2020)

• Ejercer la Secretaría Técnica de la Comisión Rectora
• Definir las metodologías para la formulación, la viabilidad de los proyectos de inversión
• Prestar la asistencia técnica para la formulación, la viabilidad de los proyectos de inversión, la realización de los ejercicios de planeación y el adecuado desempeño en la ejecución de los proyectos de inversión.
• Administrar el Sistema de Seguimiento, Evaluación y Control del SGR.
• Calcular e informar al Ministerio de Hacienda y Crédito Público la distribución de los recursos del SGR entre las asignaciones y los diferentes beneficiarios, así como la correspondiente instrucción de abono a cuenta.
• Definir la metodología y realizar la distribución de las asignaciones y de los rubros presupuestales que no estén desagregados por entidad beneficiaria, que no sea competencia de otra entidad.
• Administrar el Banco de Proyectos de Inversión del SGR, así como los sistemas de información que permitan disponer y dar a conocer los datos acerca del funcionamiento y operación del Sistema General de Regalías.
• Ejercer la Secretaría Técnica de los Órganos Colegiados de Administración y Decisión Regionales y Paz.
• Ejercer como articulador entre los ministerios delegados ante el Órgano Colegiado de Administración y Decisión de Ciencia, Tecnología e Innovación.
• Definir la metodología para la formulación de los proyectos de ciencia, tecnología e innovación
• Las demás que le señale la ley.