La Subdirección de Control está encargada de la adopción de medidas preventivas, correctivas y sancionatorias, tendientes a prevenir o corregir el uso inadecuado, ineficiente e ineficaz o sin el cumplimiento de requisitos legales de los recursos de regalías, previo la garantía del debido proceso en cada caso. Adicionalmente, realiza reportes a los órganos de control y a la Fiscalía General de la Nación, cuando se detecten presuntas irregularidades relacionadas con la ausencia de procedimientos de selección en la contratación, incumplimiento de procedimientos presupuestales o de contabilidad pública en la utilización de los recursos de regalías, entre otras.